Organami Szkoły Podstawowej im. Jana Pawła II są:
1)      Dyrektor Szkoły Podstawowej,
2)      Rada Pedagogiczna Szkoły Podstawowej,
4)      Rada Rodziców,
5)      Samorząd Uczniowski Szkoły Podstawowej,
Każdy organ Szkoły działa zgodnie z ustalonym przez siebie regulaminem, który nie może być sprzeczny z przepisami prawa i Statutem Szkoły.
Każdy organ ustala plan pracy na rok szkolny. Kopie planów pracy organu, otrzymują pozostałe organy.
Każdy organ ma prawo włączyć się do pracy innego organu, o ile nie narusza swym działaniem kompetencji tego organu lub przepisów prawa.
Każdy organ może zapraszać na swe posiedzenia przedstawicieli innych organów.